| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 568,685 | 0 | T | A | 7.7% | 370.3 / 16.1 | 129 | intergenic (+38/‑217) | emrE/ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/55); new base A (2/8); total (66/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAA > NC_000913/568536‑568834 | gTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGctct > 2:581477/1‑150 (MQ=255) tCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCtt < 1:577241/150‑1 (MQ=255) ttgggATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttata < 2:1120865/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |