| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 568,691 | T→A | 8.7% | intergenic (+44/‑211) | emrE → / → ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 568,691 | 0 | T | A | 8.7% | 372.8 / 18.9 | 134 | intergenic (+44/‑211) | emrE/ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/57); new base A (4/8); total (69/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAA > NC_000913/568544‑568840 | tttttCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatttata < 2:1101043/150‑1 (MQ=255) ttttCGTCCTACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATATGTGCCTGTGTGTTGATTATTACTTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAACTAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatttatat < 1:97557/150‑1 (MQ=255) cGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGc > 1:1728000/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |