Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 568,696 | T→A | 7.3% | intergenic (+49/‑206) | emrE → / → ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 568,696 | 0 | T | A | 7.3% | 386.4 / 12.1 | 133 | intergenic (+49/‑206) | emrE/ybcK | DLP12 prophage; multidrug resistance protein/DLP12 prophage; putative recombinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/57); new base A (3/7); total (69/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAGCCTCGTTTTATGCTTTTTGTTAATGTCTTTATTTTTTATGTATTCTTTTGTGCTTTCAAGATTATGGCGTAAGAAAATTGCAATACGATTATTGTTGTATATTCAAGATAATGTGACCTTAATTGTCTTTTTAAATAAAAAATAA > NC_000913/568547‑568844 | ttttCGTCCTACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATATGTGCCTGTGTGTTGATTATTACTTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAACTAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatttatat < 1:97557/150‑1 (MQ=255) ttttCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCttatatttatat < 2:1358008/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGCATGATGTTGATTTGTGCCGGTGTGTTGATTATTAATTTATTGTCACGAAGCACACCACATTAAAATAATTTGTTTCTAAACGACTAAAATATGGAGGCTCTTATATTTATATGAg < 2:626068/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |