Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 65,814 | T→A | 6.9% | intergenic (‑34/+41) | polB ← / ← araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 65,814 | 0 | T | A | 6.9% | 385.5 / 11.6 | 130 | intergenic (‑34/+41) | polB/araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/59); new base A (6/3); total (68/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATATCCCC > NC_000913/65671‑65963 | gCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATATAACCTGCCTGAGCCACGCTGCAATTCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTg > 1:1381104/1‑150 (MQ=255) cAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTgg < 2:1413765/150‑1 (MQ=255) cAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTgg < 2:665130/150‑1 (MQ=255) aGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCAAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGtt > 2:1446890/1‑150 (MQ=255) cGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTc > 1:796763/1‑150 (MQ=255) gTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGttttt < 2:905002/150‑3 (MQ=255) gTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCg > 2:382553/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGtt < 1:1732010/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGtt > 2:721021/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGtt > 1:831151/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCAACGGCCCGTTGTCCGGCGCCAGCCATAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTATACTCAAGCCTGGttttttg < 1:1106173/150‑5 (MQ=255) aCCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGttt < 2:1380313/150‑1 (MQ=255) aCCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGGGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGttt < 2:441776/150‑1 (MQ=255) 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aacgaaaCCAGGCTATACTCAAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTa > 1:823557/5‑150 (MQ=255) cgaaaCCAGGCTATACTCAAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTTTCAAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAAc > 1:1625610/3‑150 (MQ=255) cgaaaCCAGGCTATACTCAAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAAc > 1:1498423/3‑150 (MQ=255) aaaaaCCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAAc > 2:1012858/1‑150 (MQ=255) aaaaaCCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAAc < 2:1627311/150‑1 (MQ=255) 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tGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAat > 2:404787/1‑150 (MQ=255) ataGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCACGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGATTATccc > 2:1556962/1‑150 (MQ=255) | GCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATATCCCC > NC_000913/65671‑65963 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |