| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 721,004 | T→A | 6.6% | intergenic (+164/+52) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,004 | 0 | T | A | 6.6% | 352.6 / 9.7 | 119 | intergenic (+164/+52) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/64); new base A (3/5); total (50/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTCCCATATA > NC_000913/720855‑721151 | aatatatTCTATCCATGAAATAAGGTTGAAATTTGTATGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtat < 1:421970/147‑1 (MQ=255) tatatTCTATCCAGGAAATAATGTTTAACTGTGAAGGTGATAAATTAAATATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAATTTAATATTTTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtattt < 1:251548/149‑1 (MQ=255) gATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtattt > 2:423479/1‑150 (MQ=255) 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AAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTCCCATATA > NC_000913/720855‑721151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |