Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 72,198 | A→G | 6.2% | intergenic (+83/+31) | yabI → / ← thiQ | DedA family inner membrane protein/thiamine/thiamine pyrophosphate ABC transporter ATPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 72,198 | 0 | A | G | 6.2% | 328.9 / 9.5 | 112 | intergenic (+83/+31) | yabI/thiQ | DedA family inner membrane protein/thiamine/thiamine pyrophosphate ABC transporter ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/48); new base G (2/5); total (59/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCG > NC_000913/72049‑72347 | ggtgTTAATTCGCCACCCGGTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATa < 2:1257233/150‑1 (MQ=255) tgtTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAg < 2:940226/150‑1 (MQ=255) tgtTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAg < 2:1330399/150‑1 (MQ=255) 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ggTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGc < 1:1623136/150‑1 (MQ=255) ggTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGc < 2:246909/150‑1 (MQ=255) gTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACCACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCg > 1:810684/1‑150 (MQ=255) ggATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATc > 2:1627270/1‑150 (MQ=255) aTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCcg > 1:671501/1‑150 (MQ=255) aTAAGGCGTTCACGCCGCATACGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTCCCGCTCAACAACTCCTTGGTCATACACTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACAACTACCGAGCGCGTGGCGATCcg > 1:1156593/1‑150 (MQ=255) aaGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCcgcg > 2:1376365/1‑150 (MQ=255) | GGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCG > NC_000913/72049‑72347 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |