| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 775,620 | C→G | 5.0% | L156L (CTC→CTG) | tolQ → | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 775,620 | 0 | C | G | 5.0% | 315.6 / 6.7 | 100 | L156L (CTC→CTG) | tolQ | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/47); new base G (2/3); total (50/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GGGCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTA > NC_000913/775472‑775769 | gggCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGACCCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCGGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCg > 1:130223/1‑150 (MQ=255) gTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGc < 1:989828/150‑1 (MQ=255) gTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGc < 1:1393923/150‑1 (MQ=255) 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cTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTCTCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACt < 1:430878/150‑1 (MQ=255) cTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACt > 2:1039740/1‑150 (MQ=255) tttATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTg < 1:1004687/150‑1 (MQ=255) ttATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTgg > 1:1051857/1‑150 (MQ=255) atATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCAGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTCTCCCGGCAGTTTAGGCCTACAACCGACTCATCCAGCGCGTAAACAAACTgg > 1:1521621/2‑150 (MQ=255) tATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGTCTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCACGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGa > 1:1616712/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAAc > 1:1521608/1‑150 (MQ=255) cGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACt < 2:1611968/150‑1 (MQ=255) gCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGACGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTg > 2:848279/1‑150 (MQ=255) cccTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGa < 2:552502/150‑1 (MQ=255) cGGGGCGGTAAAACACGCAACCCTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTCCTATTGGTCTGATTGCCCCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCGGCGACCAGCGCGTCAACAAACTGGAACGGaagtc > 2:886865/1‑147 (MQ=255) | GGGCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTA > NC_000913/775472‑775769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |