| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 72,206 | C→A | 8.7% | intergenic (+91/+23) | yabI → / ← thiQ | DedA family inner membrane protein/thiamine/thiamine pyrophosphate ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 72,206 | 0 | C | A | 8.7% | 310.4 / 13.6 | 110 | intergenic (+91/+23) | yabI/thiQ | DedA family inner membrane protein/thiamine/thiamine pyrophosphate ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/44); new base A (4/6); total (60/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
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gTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACCACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCg > 1:810684/1‑150 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGAt > 2:658263/1‑150 (MQ=255) ggatgcggCGTGAACGCCTTATCCGACCGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAAAAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGCATACTTCCGAGCGCGTGGCGATc > 2:306620/7‑150 (MQ=255) aTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCcg > 1:671501/1‑150 (MQ=255) aTAAGGCGTTCACGCCGCATACGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTCCCGCTCAACAACTCCTTGGTCATACACTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACAACTACCGAGCGCGTGGCGATCcg > 1:1156593/1‑150 (MQ=255) ttgccGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCcgcg < 2:74396/146‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCcgcg > 2:1376365/1‑150 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCACCAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGcgcc > 1:316397/1‑150 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCCTACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTAACGAGCGCGTGGCGATCCGcgcc > 2:316408/1‑150 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGcgcc > 1:1378151/1‑150 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGAAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCCGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATc < 2:677153/150‑1 (MQ=255) cACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCt < 2:1583328/150‑1 (MQ=255) | TTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCT > NC_000913/72057‑72355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |