Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 963,764 | 0 | G | A | 8.6% | 339.3 / 15.0 | 117 | intergenic (+96/‑64) | rpsA/ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/54); new base A (4/6); total (56/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.75e-02 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCAATGCAGCAACAGCAGCCGCTTAATTTGCCTTTAAGGAACCGGAGGAATCATGACCAAGTCAGAATTGATAGAAAGACTTGCCACCCAGCAATCGCACATTCCCGCCAAGACGGTTGAAGATGCAGTAAAAGAGA > NC_000913/963617‑963912 | cTTCTCCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgc > 1:1581744/1‑150 (MQ=255) ctcCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGCCAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgccgc > 1:311318/1‑150 (MQ=255) ccAACCACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCGTCGGGATTTTTATTCCGAAGATTGTTGAGTTTACTGGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGGAATCACGCACTAAGCGCGCCTACGGCCGccc > 2:481831/1‑150 (MQ=255) 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aacaacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCCGTAGCCGCCCtt < 1:1509111/150‑1 (MQ=255) caacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCCGTAGCCGCCCTTag < 2:721819/150‑2 (MQ=255) aacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCCGTAGCCGCCCTTagt < 2:1588984/150‑3 (MQ=255) aacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCACGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGTCCGTAGCCGCCCTTagt < 1:1105278/150‑3 (MQ=255) cGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCa < 1:695680/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |