| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,136,028 | A→C | 5.2% | V155V (GTA→GTC) ‡ | flgH → | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,136,028 | 0 | A | C | 5.2% | 367.3 / 4.4 | 121 | V155V (GTA→GTC) ‡ | flgH | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/54); new base C (2/5); total (61/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TGATACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCA > NC_000913/1135881‑1136176 | tGATACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACt > 2:642973/1‑150 (MQ=255) tgtgCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGCCGGTTGACCAGGTACTGGTCaa > 2:1327113/1‑150 (MQ=255) gtgCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGTACCTGGTCAAc < 2:1665175/150‑1 (MQ=255) gtgCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGTACCTGGTCAAc < 1:4493/150‑1 (MQ=255) gtgCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAAc > 1:1535573/1‑150 (MQ=255) gtgCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGGTTGGTAACGCGCGGGCCGATGGCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAAc < 2:197856/150‑1 (MQ=255) gtcccGCCCTACTTGCACGGGCGGTCTGGAAACGCTCGTGCCGATCTCGAAGCCTCCGTTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGTACCTGGTCAAc < 1:328866/147‑1 (MQ=255) gCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACgg < 2:510981/150‑1 (MQ=255) gcgcTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCaa > 1:416909/1‑150 (MQ=255) cgcTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAAc > 2:768022/1‑150 (MQ=255) gcgaTTTGCAGTGGCTGTTTGGGAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTAAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGAACTGGTCAACGGCAAcc < 1:705118/147‑1 (MQ=255) cTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAAGACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCt < 1:38006/150‑1 (MQ=255) tttGCCGGGGCTGGTTGGTAACGCTCGTGCCGAGGGCGAAGCCTCCGGCGGGAACCCGTTCCACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGGTGCCCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCa < 1:689173/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTTCCGATGTCGACGCCTCCGGTGGAAACTCGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATTCCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCTGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCAt < 1:1354465/150‑1 (MQ=255) ccggggCTGTTTGGTAACGCCCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCAtgtg < 1:1565865/148‑1 (MQ=255) cAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCAtgtg > 2:1481932/1‑150 (MQ=255) ggggCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATgtggt > 1:578080/1‑150 (MQ=255) ggCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGtggtgg > 1:91198/1‑150 (MQ=255) cTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCACCCTGCATGTggtgggt > 1:1623793/1‑150 (MQ=255) cTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTggtgggt < 2:308516/150‑1 (MQ=255) tGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTggtgggtg < 2:1614597/150‑1 (MQ=255) tGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTggtgggtg < 2:1631131/150‑1 (MQ=255) ggTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTggtgggtg < 2:628246/149‑1 (MQ=255) gTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑a < 2:61846/150‑1 (MQ=255) gTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑a < 2:1025000/150‑1 (MQ=255) gTTTGGAAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGGG‑a < 2:1100863/150‑1 (MQ=255) tttGGTAACGCGCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑aa < 2:1133280/150‑1 (MQ=255) tGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGGGGGTG‑aaaa > 1:1569093/1‑150 (MQ=255) 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1:642973/150‑1 (MQ=255) aCGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgtaccg < 1:1481932/150‑1 (MQ=255) gacggtgacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTAc < 2:1457391/150‑1 (MQ=255) ggtgacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCAt > 2:1303389/1‑66 (MQ=255) ggtgacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCAt < 1:1303389/66‑1 (MQ=255) gtgacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTAAg > 2:928333/1‑150 (MQ=255) gtgacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACAGTCTACTCAg > 1:380533/1‑150 (MQ=255) gacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGt < 1:567029/150‑1 (MQ=255) acggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTg < 2:416909/150‑1 (MQ=255) cggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTgg > 1:1407036/1‑150 (MQ=255) cggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCATACCGTCTACTCAGGTgg > 1:918118/1‑150 (MQ=255) gtTGACCAGTACCTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCg > 2:923253/1‑150 (MQ=255) gtTGACCAGTACCTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCg > 1:683684/1‑150 (MQ=255) tGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGa < 2:1371473/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATg > 1:1113566/1‑150 (MQ=255) cAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgcg > 2:916312/1‑150 (MQ=255) aGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgcgc > 2:855877/1‑150 (MQ=255) | TGATACTGTGCCGCGCTATTTGCAGGGGCTGTTTGGTAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTG‑AAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCA > NC_000913/1135881‑1136176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |