| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,165,758 | C→G | 5.4% | intergenic (+73/‑327) | ycfP → / → ndh | putative UPF0227 family esterase/respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,165,758 | 0 | C | G | 5.4% | 297.0 / 6.9 | 93 | intergenic (+73/‑327) | ycfP/ndh | putative UPF0227 family esterase/respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/43); new base G (2/3); total (47/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
GAAGAGCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAA > NC_000913/1165611‑1165907 | gAAGAGCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCAc > 2:309799/1‑150 (MQ=255) aaGAGCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCCTCAGGTAACCATGCCGGGCCCAGATGCGGTCCCAATTATGTGGGTCGGATAAGGCGTCCAcg > 1:634698/1‑150 (MQ=255) aaGAGCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCAcg < 2:1308771/150‑1 (MQ=255) agagCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCAcgc > 1:931491/1‑150 (MQ=255) agagCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATAAGGTAACCTTGCCGGTACCAGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGGACAcgc > 1:828598/1‑150 (MQ=255) gCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTTACCTTTCCGGTACCTGATTCGCGCCGATTTCTGTGGGTCGGATAAGGCGGCCAcgccgc > 1:497720/1‑150 (MQ=255) gACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATGCGGCGTGGAcgccttatc < 2:1108459/150‑6 (MQ=255) cGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATTCGCTCCGAATTCTGAGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCg > 2:1055132/1‑150 (MQ=255) cacaAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGAc > 1:538969/1‑150 (MQ=255) cacaAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGAc < 1:1138105/150‑1 (MQ=255) cacaAATTCAAGAATATCTCCCCGCATATACAGCGCAATAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCAGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATGCGGCGTGGACGCCTTATCCGAc < 2:260226/150‑1 (MQ=255) ttCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGa < 1:1304708/150‑1 (MQ=255) tCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAg < 2:341348/150‑1 (MQ=255) 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cTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACCCCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAActctt > 1:1120872/1‑149 (MQ=255) tgtgGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGt < 2:276075/150‑1 (MQ=255) gggTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGtttt > 1:1061264/1‑150 (MQ=255) ggTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGatttt > 2:688362/1‑150 (MQ=255) ggTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCGGttttt > 2:1731363/1‑150 (MQ=255) tCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTg < 2:950249/150‑1 (MQ=255) ggatgcggCGTGGACGCCTTATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTTCCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGAt > 2:862117/7‑150 (MQ=255) ggATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGAt > 2:619231/1‑150 (MQ=255) ggATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAAAAATAAACTCTGTTTTTTGAt > 2:1493922/1‑150 (MQ=255) gccacccgCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATCCCGGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACCCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAAAAACCTCTGTTTTTAGAt < 2:629078/143‑1 (MQ=255) aTAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGAtct > 1:554733/1‑150 (MQ=255) tAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCTCAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGAtctc < 2:634698/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCa < 1:1551960/150‑1 (MQ=255) aGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCTCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCAc < 1:1446264/150‑1 (MQ=255) aGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAGCGCTGTTTTTTGATCTCAc > 2:927496/1‑150 (MQ=255) aGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCAc > 1:132271/1‑150 (MQ=255) ggCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCAcc > 2:1022308/1‑150 (MQ=255) gCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCATGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCAccc < 2:1398415/150‑1 (MQ=255) gTCCACGCCGCATCCGACAGGCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCgg < 1:1667153/150‑1 (MQ=255) cACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGACCGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATGACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATACACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTaa > 2:1667040/1‑150 (MQ=255) | GAAGAGCAGACGCACAAATTCAAGAATATCTCCCCGCATTTACAGCGCATTAAAGCGTTCAAAACCCTCGGGTAAATGCCCTCGTCGCATCAGGTAACCTTGCCGGTACCTGATGCGCTCCGAATTCTGTGGGTCGGATAAGGCGTCCACGCCGCATCCGACAGTCGAGCATCAATGCCTGATGCGCTTCTTATCAGGCCTACCGAACGCCCTGCATACACCCCTCACTCTATATCACTCTCACAAATTCGCTCAAATAATAAACAATAAACTCTGTTTTTTGATCTCACCCGGTAA > NC_000913/1165611‑1165907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |