| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,226,114 | C→G | 6.2% | intergenic (‑34/‑486) | minC ← / → ycgJ | inhibitor of FtsZ ring polymerization/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,226,114 | 0 | C | G | 6.2% | 288.3 / 9.9 | 97 | intergenic (‑34/‑486) | minC/ycgJ | inhibitor of FtsZ ring polymerization/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/39); new base G (4/2); total (56/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
GCCTGAGCGATTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGTCAATCAACC > NC_000913/1225965‑1226263 | gCCTGTGCGATTTTGTCTTCCCTCTCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCAAGCAGATGAACCACAGAAAAAGTGAAGCTACTTCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGcc < 1:155217/150‑1 (MQ=255) tGAGCGATTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATACCGTTAGGTTCTGCCTCAGGCAGATGAACCACAGTTAACGTGAAGCTAATGCATTTAAGCACGATTGGCGGTTTTGACAGCGTGGCGTTAGGAAATTAGCTTTTAATCTGCGCCCgc > 2:1258477/1‑150 (MQ=255) gATTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGcgcgcg > 1:601930/1‑150 (MQ=255) gATTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGcgcgcg > 1:1679805/1‑150 (MQ=255) ttttGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCgat < 1:1010824/150‑1 (MQ=255) tGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCGCGCTGGCgatgat < 1:736093/150‑1 (MQ=255) gTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCGCGCTGGCgatgatt < 2:720191/150‑2 (MQ=255) cTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGtt > 2:406129/1‑150 (MQ=255) cTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGAGCGCGATGATGtt > 2:1638632/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCGCCTTATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTc < 1:623967/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTc < 2:466192/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTc < 1:1734107/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTcc > 2:1029486/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTGTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTcc < 2:294063/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGAGTGTTTGACATCATGTCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCg > 1:608516/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTCATTGAAAACCTTCGGTTCTGCCTCATCCAGATGAACCACAGATAAACTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTGGACATCCTGGCCTTACTCAATTCGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGa < 1:825667/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGaa > 2:496888/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGaa > 1:454606/1‑150 (MQ=255) 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tAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTg > 2:944529/1‑150 (MQ=255) acatcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTCTATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTg > 2:1340615/3‑150 (MQ=255) catcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTATATTCTGTGATAAATGTCGCTGATTAATATCTTAAAAAATAACCTTGt > 1:324503/2‑150 (MQ=255) aaTCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGt < 2:1679805/150‑1 (MQ=255) atcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGta > 2:1690302/1‑149 (MQ=255) atcatcGCCAGCGCGCGATGATGTTACGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtc < 1:611750/150‑1 (MQ=255) atcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaat > 1:921468/1‑150 (MQ=255) atcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaat > 1:794020/1‑150 (MQ=255) atcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaat > 2:693175/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaatcaa < 1:1029486/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATAACCTTTTCAATAAAc > 1:918692/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGTCAATCAAcc < 2:353125/150‑1 (MQ=255) | GCCTGAGCGATTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGTCAATCAACC > NC_000913/1225965‑1226263 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |