| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,287,152 | T→C | 10.6% | noncoding (85/171 nt) T9A (ACT→GCT) |
rttR ← tpr ← |
rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,287,152 | 0 | T | C | 10.6% | 102.3 / 2.4 | 49 | noncoding (85/171 nt) T9A (ACT→GCT) | rttR tpr | rtT sRNA, processed from tyrT transcript protamine‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/16); new base C (2/3); total (28/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC > NC_000913/1287009‑1287298 | aTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAcc < 2:971410/150‑1 (MQ=255) gCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTgg > 1:247416/1‑150 (MQ=255) tatTTGATTGCGGATTCGCTTGAGATTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAg < 2:156559/150‑1 (MQ=255) atTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCATGCGGACACCCTCACACGCAGGCGCTCCAGTCCAAACTAGGTCCAAga > 1:582117/1‑149 (MQ=14) tttGATTGCGGATTCGCTTGAGATTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCt < 1:1441306/150‑1 (MQ=255) ttGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCa < 1:580648/150‑1 (MQ=255) aTTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATc > 1:1606685/1‑146 (MQ=255) aTTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATc < 2:1606685/146‑1 (MQ=255) gagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑Tg < 2:247416/150‑1 (MQ=255) ccgggCCTGTTGAAAGGGATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCATCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGGCGAACCTTCGTCGAAGCGTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGaa < 1:283544/148‑1 (MQ=11) tGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGGGTCTCAGCCTTCCCCGCAGAGGGCAAAATTTTAAAtt > 1:1634218/1‑150 (MQ=11) gAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑Tg < 1:1680224/132‑1 (MQ=37) aaaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGc < 1:217437/134‑1 (MQ=37) aaaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGACGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGc > 2:217437/1‑134 (MQ=17) aaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGc < 2:1022634/133‑1 (MQ=37) aaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGc > 1:1022634/1‑133 (MQ=37) tggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGCGCAGAATATTTAATGGCGGATTCGTAgg > 1:94907/1‑150 (MQ=255) gggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGCATATTTAATTGCGGATTGGTTTGGAAGtt > 2:1664950/1‑150 (MQ=255) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTc < 2:1198149/86‑1 (MQ=33) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTc > 1:1198149/1‑86 (MQ=33) 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(MQ=255) ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAGAAcca > 2:482181/1‑149 (MQ=255) ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAAt < 2:17838/85‑1 (MQ=18) ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAAt > 1:17838/1‑85 (MQ=18) gaaaCGCGCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCATAATATTTTATTGCGGATTCTTTGTTAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATTGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAg < 1:1444004/148‑1 (MQ=17) cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGTACCATGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCGCCGCA‑GGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACGTTTGAAAGGGATGATGGTGGGGGAAGGATTGGAACCTTCGAAGt > 1:296504/1‑150 (MQ=18) aaCGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGTTGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTc > 1:1477096/1‑150 (MQ=255) 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gCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGGCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAg < 2:183180/150‑1 (MQ=255) cTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACAATCGAAGACGAAGACGGCAGATTTACa > 1:160686/1‑150 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAg > 1:939694/1‑94 (MQ=255) tCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAg < 2:939694/94‑1 (MQ=255) cGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 2:259548/72‑1 (MQ=255) cGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg > 1:259548/1‑72 (MQ=255) gtgTCGACCGTTGTTCGAAGCTTCTCACCCATCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGCTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTc < 1:1312359/148‑1 (MQ=21) | ATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCA‑TGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTC > NC_000913/1287009‑1287298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |