| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,303,658 | T→A | 5.5% | Y254N (TAT→AAT) | oppB → | oligopeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,303,658 | 0 | T | A | 5.5% | 247.7 / 4.7 | 92 | Y254N (TAT→AAT) | oppB | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/42); new base A (2/3); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
TTATTCGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCC > NC_000913/1303512‑1303803 | ttATTCGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATg > 1:775786/1‑150 (MQ=255)ttATTCGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGGCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATg < 2:917530/150‑1 (MQ=255)tcaTTCGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATg > 1:703421/3‑150 (MQ=255) ttCGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGtt < 1:263002/150‑1 (MQ=255) ttCGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGtt < 1:99279/150‑1 (MQ=255) cGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTTTGGTTTg > 1:1257529/1‑150 (MQ=255) cGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTg > 1:1257524/1‑150 (MQ=255) gTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATAAATGGtttcg < 1:650890/150‑3 (MQ=255) tACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTTCTCTCTTATATGGGCCCCGCTTTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATAAATGGtttcga < 1:1392047/150‑4 (MQ=255) attGCCCGGGCGATAGGGTTACCTATGATGCGTATCATTTTTCGTCACGCATTAAAACCTGCTCTTTTTCCCGTGCGCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATAAATGGtttcgat < 1:25348/148‑5 (MQ=255) cTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCgg < 1:568175/150‑1 (MQ=255) cTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTGGCggg > 2:1530497/1‑150 (MQ=255) gCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCCCGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCgggg > 1:784197/1‑150 (MQ=255) gCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTTTCGAAACCATTTATGGTTTGCCgggg > 1:300200/1‑150 (MQ=255) gCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCgggg > 1:634725/1‑150 (MQ=255) gCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCgggg > 1:536726/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGAt > 1:1645440/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTAGGGTTTGCCGGGGAt > 2:130392/1‑150 (MQ=255) 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gATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAATCCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTTATGGCGCAtt > 1:1025543/1‑150 (MQ=255) aTCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTg > 2:402006/1‑150 (MQ=255) aTCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTg < 1:538711/150‑1 (MQ=255) aTTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCAATGAAc > 2:392306/1‑150 (MQ=255) aTTTTACGTCAAGCATTAAAACGTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGAATTTGTGTGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTTATGGCGCATTGAAc < 2:719413/150‑1 (MQ=255) 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ctGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTg > 2:749191/1‑150 (MQ=255) gtaaCCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATATATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGAc < 1:1265346/147‑1 (MQ=255) aCCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGAGTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCAt < 2:300200/150‑1 (MQ=255) cGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCtt < 1:1102146/129‑1 (MQ=255) cGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCtt > 2:1102146/1‑129 (MQ=255) gTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCtg < 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tataTGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTGCTATGGTTATAGAAACAATTTATGGTTTGCCGGCGATTGGACAAATCTTCGTTAATTGCGCATTGCACCGTGACTATTCATAAGAGTTAAGCCTGACCAACCTGGATGGTCCt > 1:853092/1‑150 (MQ=255) atatGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCtt < 2:175805/150‑1 (MQ=255) tatGTGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCttt < 2:339938/150‑1 (MQ=255) tGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTaa < 2:634725/150‑1 (MQ=255) gggCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAAc < 1:1571860/150‑1 (MQ=255) 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attaCCGGTTCTATGGTTATCGACACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAAGGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTc > 1:1530400/1‑150 (MQ=255) attaCCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTc > 2:813175/1‑150 (MQ=255) attaCCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTc > 2:519800/1‑150 (MQ=255) ccGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGAtg < 2:1509119/150‑1 (MQ=255) ccGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCAATGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGAtg < 1:392306/150‑1 (MQ=255) 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cggcaaaCCATAAATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCTTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCAATTGTCGAAGTGCTATATGCTGtt > 2:1130461/5‑150 (MQ=255) cggcaaaCCATAAATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGtt > 1:1270785/5‑150 (MQ=255) aTCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGtt > 1:688325/1‑150 (MQ=255) gAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATc > 2:56977/1‑150 (MQ=255) gAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATc > 2:984010/1‑150 (MQ=255) aacattttATGGTTTGCC‑GGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGAc < 1:1663874/145‑1 (MQ=255) aCCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGAc < 2:1070248/150‑1 (MQ=255) ccATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGAcc > 1:1455844/1‑150 (MQ=255) cATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGAccc > 2:1161798/1‑150 (MQ=255) | TTATTCGTACTGCCCGGGCGAAAGGGTTACCTATGCGGCGGATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCC > NC_000913/1303512‑1303803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |