| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,407,926 | T→A | 5.2% | intergenic (‑131/‑124) | ydaM ← / → ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,407,926 | 0 | T | A | 5.2% | 268.7 / 2.4 | 91 | intergenic (‑131/‑124) | ydaM/ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/36); new base A (3/2); total (53/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGT > NC_000913/1407777‑1408075 | tGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAttt > 1:631912/1‑150 (MQ=255) gAAGTTGTGCGTAATCCTTGAGATCCCGTTATTTATATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAtttt < 2:174160/150‑1 (MQ=255) aGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGc > 1:718802/1‑150 (MQ=255) gTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCt > 1:586231/1‑150 (MQ=255) tgtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATTATTCTGATAATTATAGAGGCTATTTAACAATTCACACGGTGTGTAGACGGAAAAGCATTTTGCttt > 2:311071/1‑150 (MQ=255) tgtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCttt > 1:1502204/1‑150 (MQ=255) gTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAAAATGCttttccgt < 2:391930/150‑5 (MQ=255) aaTCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTAtt < 2:613503/150‑1 (MQ=255) aTCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGTTAGACTCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTc < 2:1197203/150‑1 (MQ=255) aTCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGACACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTc < 1:931210/150‑1 (MQ=255) cATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCaa > 2:1328225/1‑150 (MQ=255) cATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCaa > 2:1566776/1‑150 (MQ=255) aTTGAGATCCCGTTATTTTTATCTATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAATAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGTAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAAt < 2:956034/150‑1 (MQ=255) gagaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAAtttt > 2:837615/1‑149 (MQ=255) cGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGTAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGaatgaa > 2:340046/1‑145 (MQ=255) cGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGaa > 2:409932/1‑150 (MQ=255) tATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTaa > 1:530850/1‑150 (MQ=255) tATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTaa > 1:1524650/1‑150 (MQ=255) 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ttGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGt < 2:1074057/150‑1 (MQ=255) | TGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGT > NC_000913/1407777‑1408075 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |