| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,471,102 | 0 | G | C | 7.2% | 299.7 / 12.5 | 98 | pseudogene (586/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/38); new base C (2/5); total (54/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATC > NC_000913/1470954‑1471250 | ataGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGgc > 2:522894/1‑150 (MQ=255) tagctagcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGgcg < 2:1577382/150‑1 (MQ=255) gctagcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGcc > 2:1459217/1‑150 (MQ=255) 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attgctGGCGCCATAGGCCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGAc > 1:170963/6‑150 (MQ=255) ggTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACg > 1:526493/1‑150 (MQ=255) gTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACgg < 1:423617/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGgt > 2:585895/1‑150 (MQ=255) ggcCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtat < 1:1459217/150‑1 (MQ=255) 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ggCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaatatc < 1:1646079/150‑1 (MQ=255) ggCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTtatcaatatc < 2:705911/150‑1 (MQ=255) | ATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTTATCAATATC > NC_000913/1470954‑1471250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |