| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,478,262 | T→C | 6.1% | L13L (TTA→CTA) | ynbB → | putative CDP‑diglyceride synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,478,262 | 0 | T | C | 6.1% | 242.6 / 5.1 | 84 | L13L (TTA→CTA) | ynbB | putative CDP‑diglyceride synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/37); new base C (2/3); total (43/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
TATCCACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACCGGAGAGAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGA > NC_000913/1478113‑1478409 | tATCCACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCgttgt > 1:407668/1‑150 (MQ=255) aTCCACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCgttgtt > 1:893924/1‑150 (MQ=255) ccACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTaa > 1:2744/1‑150 (MQ=255) acaGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAAtt > 2:217726/1‑150 (MQ=255) gTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGATTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTa < 1:1161750/150‑1 (MQ=255) ggATGCAGTGGAATAATCTATTATGGAGCATTGCTGCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGc < 2:1313170/150‑1 (MQ=255) cAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGCTAAAATTAACAACGc < 2:990727/150‑1 (MQ=255) aGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCt < 1:1516241/150‑1 (MQ=255) aGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGCTAAAATTAACAACGcg < 1:1321055/150‑2 (MQ=255) gTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCTACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCTACGCTg > 1:395092/1‑150 (MQ=255) tGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGa < 2:705666/150‑1 (MQ=255) ggAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGCTAAAATTAACAACGcgaaa < 2:1188040/150‑5 (MQ=255) ggAATAATCTTTTATGGAGAATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGAt > 1:822508/1‑150 (MQ=255) aataatCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAAACTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATaa > 2:1644671/1‑150 (MQ=255) ttATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTc > 1:1599465/1‑150 (MQ=255) tATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCt < 1:1532756/150‑1 (MQ=255) tATGGAGCATTCCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAAAGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGATGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAAACGTTTTCt > 1:168863/1‑150 (MQ=255) aTGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTg < 2:396353/150‑1 (MQ=255) aTGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTg < 2:547221/150‑1 (MQ=255) ggAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCACCGCTGATAAACCGTTTTCTGCt > 2:972593/1‑150 (MQ=255) ggAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCt < 1:499902/150‑1 (MQ=255) ggAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCt > 1:423632/1‑150 (MQ=255) gAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCtt > 1:1526726/1‑149 (MQ=255) 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cTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGtt > 1:1271618/1‑150 (MQ=255) aaTTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACCg > 1:1101937/1‑150 (MQ=255) ttCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACCGga > 2:710568/1‑150 (MQ=255) gCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACCGgagaga < 2:473680/150‑1 (MQ=255) tctcTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAACCCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACCGGAGAGataa > 1:865744/1‑150 (MQ=255) 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tgttAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACCGGAGAGAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGAtgacgttga > 1:937957/1‑150 (MQ=255) | TATCCACAGTGGATGCAGTGGAATAATCTTTTATGGAGCATTGCTTCAATTCTGCTTCTCTGGACTGCGATTAATCGTTGTCGGAGTGTGCTTCTTATGAGCGCTGAAATATAATGCTGGAAAAATCTCTGGCAACACTTTTCGCGTTGTTAATTTTAGCAACGCTGATAAACCGTTTTCTGCTATGGCGGTTACCGGAGAGAAAAGGGGGTGAGGTTACATTACGTATTCGTACCTGGTGGGGCATCGTCATTTGTTTTTCAATGGTGATTTCAGGTCCACGCTGGATGACGTTGA > NC_000913/1478113‑1478409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |