Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,488,050 | T→C | 6.1% | intergenic (+15/‑182) | ydcF → / → aldA | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding/aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,488,050 | 0 | T | C | 6.1% | 381.6 / 10.2 | 129 | intergenic (+15/‑182) | ydcF/aldA | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding/aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/67); new base C (3/5); total (57/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.30e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GCGATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCAAACGGGCATGACTCCTGACTTTTATTTCTGCCTTTTATTCCTTTTACACTTGTTTTTATGAAGCCCTTCACAGAATTGTCCTTTCACGATTCCGTCTCTCTGATGATTGATGTTAATTAACAATGTATTCAC > NC_000913/1487902‑1488198 | gCGATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTtgtg > 1:118298/1‑150 (MQ=255) gCGATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTtgtg < 1:1370499/150‑1 (MQ=255) gCGATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACACTGAAACATGATGCGGTGCTAATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTtgtt > 1:451848/1‑149 (MQ=255) gATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGaa < 2:1662414/150‑1 (MQ=255) gATGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGaa < 1:1003726/150‑1 (MQ=255) aTGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGacc > 1:1423013/1‑148 (MQ=255) aTGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAAc > 1:1719058/1‑150 (MQ=255) aTGGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATACATGCCTGGCAAACGCTGACACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAAc < 1:870870/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |