| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,488,055 | C→A | 6.6% | intergenic (+20/‑177) | ydcF → / → aldA | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding/aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,488,055 | 0 | C | A | 6.6% | 375.4 / 9.9 | 128 | intergenic (+20/‑177) | ydcF/aldA | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding/aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/65); new base A (3/6); total (57/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GGCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCAAACGGGCATGACTCCTGACTTTTATTTCTGCCTTTTATTCCTTTTACACTTGTTTTTATGAAGCCCTTCACAGAATTGTCCTTTCACGATTCCGTCTCTCTGATGATTGATGTTAATTAACAATGTATTCACCGAA > NC_000913/1487907‑1488202 | ggCTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCa > 2:1280262/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACt < 2:1382215/150‑1 (MQ=255) cTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCGCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACt < 2:208884/150‑1 (MQ=255) cTACGGTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTAGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACt > 2:457375/1‑150 (MQ=255) ggTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGtt < 2:1194361/150‑1 (MQ=255) ggTCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGtt > 1:1217518/1‑150 (MQ=255) tCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTg < 2:602414/150‑1 (MQ=255) cccGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCa < 1:168688/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |