| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,488,064 | G→A | 8.0% | intergenic (+29/‑168) | ydcF → / → aldA | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding/aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,488,064 | 0 | G | A | 8.0% | 385.5 / 13.7 | 127 | intergenic (+29/‑168) | ydcF/aldA | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding/aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/62); new base A (4/6); total (58/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCAAACGGGCATGACTCCTGACTTTTATTTCTGCCTTTTATTCCTTTTACACTTGTTTTTATGAAGCCCTTCACAGAATTGTCCTTTCACGATTCCGTCTCTCTGATGATTGATGTTAATTAACAATGTATTCACCGAAAACAAACA > NC_000913/1487915‑1488210 | tCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTg < 2:602414/150‑1 (MQ=255) cccGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCa < 1:168688/150‑1 (MQ=255) ccGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCaa < 2:1624497/150‑1 (MQ=255) 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gTTTGCAAACGGGCATGACTCCTGACTTTTATTTCTGCCTTTTATTCCTTTTACACTTGTTTTTATGAAGCCCTTCACAGAATTGTCCTTTCACGATTCCGTCTCTCTGATGATTGATGTTAATTAACAATGTATTCACCGAaaacaaac > 1:1083601/1‑150 (MQ=255) tttGCAAACGGGCATGACTCCTGACTTTTATTTCTGCCTTTTATTCCTTTTACACTTGTTTTTATGAAGCCCTTCACAGAATTGTCCTTTCACGATTCCGTCTCTCTGATGATTGATGTTAATTAACAATGTATTCACCGAAaacaaaca < 2:1505852/150‑1 (MQ=255) | TCCCCGCGGGCGAGATTTTATCGTTCACGTTGATTTTCCGGCAGAAGTCATCCATGCATGGCAAACGCTGAAACATGATGCGGTGCTCATCGAGGCGATGGAAAGTCGCTCGTTACGTTAAAAATTGCCCGTTTGTGAACCACTTGTTTGCAAACGGGCATGACTCCTGACTTTTATTTCTGCCTTTTATTCCTTTTACACTTGTTTTTATGAAGCCCTTCACAGAATTGTCCTTTCACGATTCCGTCTCTCTGATGATTGATGTTAATTAACAATGTATTCACCGAAAACAAACA > NC_000913/1487915‑1488210 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |