| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,743,160 | A→T | 9.1% | L28* (TTA→TAA) | ribC ← | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,743,160 | 0 | A | T | 9.1% | 237.8 / 12.4 | 88 | L28* (TTA→TAA) | ribC | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/37); new base T (4/4); total (47/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
CTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTA > NC_000913/1743011‑1743308 | cTTTTAATTCTCCAAGTTTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAATCTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCATCCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTa < 2:676940/150‑1 (MQ=255)cTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTa > 1:1036276/1‑150 (MQ=255) tttAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCACCCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCCGCATGTGGTCGGGTAAc > 2:732236/1‑150 (MQ=255) 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cgCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACTCCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAAGTCCTTAAATCAGTTAAGACATTCTGTACAGCACAATAGCAGGt > 1:1215610/2‑150 (MQ=255) cATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGGTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGGTCAGCACAATAGCAGGTgg > 2:900153/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGCAATCAGTTAAGCCATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGa > 1:1384146/1‑150 (MQ=255) gtgGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAAGATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGaaa > 1:1646608/1‑150 (MQ=255) gggTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGccc > 1:498634/1‑150 (MQ=255) ggTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGAAAAACGCCCt > 1:396309/1‑150 (MQ=255) tAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAAATTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTa < 2:59625/150‑1 (MQ=255) | CTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGC‑GTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTA > NC_000913/1743011‑1743308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |