| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,695 | 0 | A | G | 7.4% | 348.5 / 12.9 | 122 | intergenic (‑309/+18) | sufA/rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/57); new base G (7/2); total (62/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
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ccTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTattatt > 1:724212/1‑150 (MQ=255) ccTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCACATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCATGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTACTattatt > 2:1117316/1‑150 (MQ=255) ctcaaGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAttt < 1:1093819/147‑1 (MQ=255) cTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGTCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGAGATTAGTATTAttt > 2:1152429/1‑150 (MQ=255) cTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATATAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAttt > 1:850500/1‑150 (MQ=255) cTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAttt > 1:210695/1‑150 (MQ=255) cTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTGTAACACGAACTGCGATTAGTATTAttt > 1:215797/1‑150 (MQ=255) ttAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAtttt < 1:1499057/150‑1 (MQ=255) tAAGTCTGTGCCACACAGGCTTATGGGTTGCTACCCCATCCGGCGCTTAACTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGTGGCGATAAGAATAATCTCAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGAATAGTATTAttttt < 1:349038/150‑1 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAAc < 1:170918/150‑1 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGCTAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACGCAAACTGCGATTAGTAGTAGTTTTGAACAat > 1:1070139/1‑150 (MQ=255) acacAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAg > 1:1471721/1‑150 (MQ=255) | TAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAG > NC_000913/1764549‑1764844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |