| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,821,241 | T→A | 6.1% | intergenic (‑27/+58) | chbC ← / ← chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIC component of PTS/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,821,241 | 0 | T | A | 6.1% | 330.0 / 8.8 | 115 | intergenic (‑27/+58) | chbC/chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIC component of PTS/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/59); new base A (4/3); total (53/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCGAGTCAATTACT > NC_000913/1821092‑1821389 | cGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAAtt > 2:337539/1‑150 (MQ=255)cGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAAtt > 2:910802/1‑150 (MQ=255) gggTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAat < 2:16988/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |