| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,852,038 | A→C | 7.5% | Q51P (CAG→CCG) ‡ | pncA → | nicotinamidase/pyrazinamidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,852,038 | 0 | A | C | 7.5% | 220.2 / 8.2 | 80 | Q51P (CAG→CCG) ‡ | pncA | nicotinamidase/pyrazinamidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/38); new base C (2/4); total (38/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
GCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGCCACAAACCTTCTGGCCAGATCACTGTGTGCAGAACAGTGAAGGCGCACAATTACATCCGTTACTG > NC_000913/1851889‑1852186 | gCCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAACCGGTTATCGCCAGTCa > 2:593492/1‑150 (MQ=255) cgcgCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTgg < 2:1728334/150‑1 (MQ=255) gcgcCCTGTTACTGGTCGCTTTACAAAATGAGATCTGGGCTGGTGGCGCGCTCGCCGGGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCCTGACTGGc < 2:1081174/150‑1 (MQ=255) cgcCATGTCACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCCTGACTGGcg < 1:852653/150‑2 (MQ=255) cccTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCGGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCCTGACTGGcgat < 1:383850/150‑4 (MQ=255) tGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCCTGACTGGcgataac < 1:1216546/150‑7 (MQ=255) tGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCgg > 1:1695581/1‑150 (MQ=255) ttACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCg < 1:953813/150‑1 (MQ=255) ggTCGATTAACAAAAAGAATTCTGTCCTGGTAAAGCGCTCGCAGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTAGCTAACCGCCTGAATGAGTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGTGTGGCCCCCGGCGaagcc > 2:280973/1‑147 (MQ=255) agttACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACTGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCa < 2:841554/148‑1 (MQ=255) tttACAACATGATTGCTGTGCGGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAACGTGACAGTACGGGGGCTGGCGCTCCCCGCCGGCTTGACTGGTGCCAGGCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAg < 1:112509/150‑1 (MQ=255) tACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGACGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGtt > 2:173309/1‑150 (MQ=255) aaTGATTTCTTTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGcc < 2:1569786/150‑1 (MQ=255) aaTGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGcc < 2:1576757/150‑1 (MQ=255) tGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCCGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCCCCCGGCGAATCCCGGCAGTTTTGCGAg > 2:118139/1‑150 (MQ=255) tttCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCa > 1:23646/1‑150 (MQ=255) tCTGTGCGGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGGCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGGTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGc < 2:348009/150‑1 (MQ=255) cTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTACCCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTCTCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCCCGGCAGTTTTGCCAGTCAGcc > 1:102514/1‑149 (MQ=255) atgtgCTGGTGGCGCGATCGCCGTGCCGGAAGGAGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCGAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCa > 1:102510/2‑150 (MQ=255) tgCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACgg < 1:118914/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGCGCTCGCCGGGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGgtg < 2:1420639/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTACCCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGGCAGCACGGTGTagag > 1:95717/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTagag < 1:1202204/150‑1 (MQ=255) tCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTtata < 1:1025838/150‑1 (MQ=255) cGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATAc > 1:691460/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCa > 1:1373520/1‑150 (MQ=255) ggCCGGAAGGGGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGGTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAg < 1:327505/149‑1 (MQ=255) cGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGGCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGGCGCGCGGTGAAGCGGGTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGcc < 1:603435/150‑1 (MQ=255) ggAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCa > 1:409842/1‑150 (MQ=255) aGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACt < 1:871732/150‑1 (MQ=255) aGGTGACAGTACGGGGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACt < 2:1443387/150‑1 (MQ=255) gACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGAc < 2:1670649/150‑1 (MQ=255) gACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGGGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGAc < 1:1241571/150‑1 (MQ=255) 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gTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGTGAATCACGGCAGTTTTGCCTGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGtt > 2:970390/1‑150 (MQ=255) aCGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTg > 1:28344/1‑150 (MQ=255) aCGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCAAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTg > 1:1591025/1‑150 (MQ=255) cGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGc < 1:781069/150‑1 (MQ=255) gggATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGCcac < 2:1353019/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |