| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,944,241 | T→C | 8.7% | intergenic (+42/+105) | znuB → / ← ruvB | zinc ABC transporter permease/ATP‑dependent DNA helicase, component of RuvABC resolvasome |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,944,241 | 0 | T | C | 8.7% | 189.7 / 8.0 | 69 | intergenic (+42/+105) | znuB/ruvB | zinc ABC transporter permease/ATP‑dependent DNA helicase, component of RuvABC resolvasome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/22); new base C (2/4); total (43/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
GCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCG > NC_000913/1944093‑1944390 | gCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTa > 1:668972/1‑150 (MQ=255) ggtgtcaCCTTTTCAGCGGTGTCCGATACGCCGGCGGGGACGCCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCCGTCTGATGCACAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATc < 1:258336/144‑1 (MQ=255) ttAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGa > 1:676798/1‑150 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGAc < 2:1377528/150‑1 (MQ=255) ccTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATCCGAcaaa < 1:1383922/150‑4 (MQ=255) cTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGGTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGACCACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTAc > 2:1119522/1‑150 (MQ=255) ttttCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTCTGTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATCCGAcaaatg < 1:845302/150‑6 (MQ=255) ttttCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATCCGAcaaatg < 1:572980/150‑6 (MQ=255) 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gATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTgg > 2:525715/1‑150 (MQ=255) aTACGCCGTCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGGCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGt < 2:878221/150‑1 (MQ=255) aTACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGt > 2:1140509/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTc > 1:1001198/1‑150 (MQ=255) gcggcggGGCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTcc < 2:1392270/149‑1 (MQ=255) ccGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGTACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTcc < 2:290259/150‑1 (MQ=255) ggTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTaa > 2:1706733/1‑150 (MQ=255) ccGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTATTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGAGGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGAc < 1:1074690/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGAcgcg < 1:1429707/150‑1 (MQ=255) ggtggtGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGTATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGaa < 1:1584934/150‑1 (MQ=255) tggtgCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACa > 2:1430717/1‑150 (MQ=255) aTGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGc > 2:1698711/1‑150 (MQ=255) ggCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAgg < 2:1479605/150‑1 (MQ=255) gCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGc < 2:472316/150‑1 (MQ=255) tGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAAAACATTTGTCGGATTCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTACGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCataa > 1:198582/1‑149 (MQ=255) 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aaaaGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCgcgag > 2:77700/1‑150 (MQ=255) aGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCa > 2:1498585/1‑150 (MQ=255) aGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCGGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCCa > 2:1281771/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCaa > 1:626279/1‑150 (MQ=255) cAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATcc < 2:1480864/150‑1 (MQ=255) cTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGAc > 1:1259699/1‑150 (MQ=255) aaTCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATACGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGCGCGACCAATCCGACtt > 1:52801/1‑150 (MQ=255) tCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTAc > 1:1724504/1‑150 (MQ=255) cTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGTGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACg > 2:944530/1‑150 (MQ=255) tATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACgg < 1:999126/150‑1 (MQ=255) aTCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTCAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGCGCGCCCAATCCGACGTACGGc > 1:206854/1‑150 (MQ=255) aaCACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCGTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTg < 1:851268/150‑1 (MQ=255) acaTTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCATGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAAGCCGCCTGGCGGCATTTCTggcg > 1:213782/1‑150 (MQ=38) gtaggTCGGATAAGGCGCTCGCGCCGCATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTggcggc > 2:691871/5‑150 (MQ=39) tttGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGgcggcg < 2:1722487/150‑1 (MQ=255) tttGTCGGAGGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGgcggcg < 2:41523/150‑1 (MQ=255) tCGGATGCGGCGCGAGCGCCGTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTAt < 2:1355882/150‑1 (MQ=255) ggATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGc < 2:1197623/150‑1 (MQ=255) cggcgCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAg > 1:894564/1‑150 (MQ=255) gcgcGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTAGGCCAAAGTg > 1:1176946/1‑150 (MQ=255) gcgAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGAt > 2:631334/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTcc > 1:28680/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTcc > 1:118167/1‑150 (MQ=255) gcCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACg > 2:977834/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCCCGc > 2:1693180/1‑150 (MQ=255) cTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGcc > 2:33715/1‑150 (MQ=255) tATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCcg > 2:1603417/1‑150 (MQ=255) tATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCcg > 1:895326/1‑150 (MQ=255) | GCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCG > NC_000913/1944093‑1944390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |