| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,982,500 | T→C | 10.6% | intergenic (‑113/+54) | otsB ← / ← araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase, biosynthetic/L‑arabinose ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,982,500 | 0 | T | C | 10.6% | 239.7 / 16.4 | 94 | intergenic (‑113/+54) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase, biosynthetic/L‑arabinose ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/49); new base C (4/6); total (39/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
CGGATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAG > NC_000913/1982351‑1982645 | cgGATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGt > 2:1545370/1‑150 (MQ=255) ggATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGtt < 2:1669951/150‑1 (MQ=255) ggATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGtt < 2:54251/150‑1 (MQ=255) 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aCGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCAACAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCTCGAACCACGTa > 1:1255806/1‑150 (MQ=255) gaagaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTGTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCCGGATGAAGCCGCGAACCACGTACt > 2:1535751/1‑150 (MQ=255) aaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTgcgc < 1:1497270/150‑1 (MQ=255) ataGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGAAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGcgcg > 1:899163/3‑150 (MQ=255) ataGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCAAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGcgcg > 2:94506/3‑150 (MQ=255) 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CGGATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAG > NC_000913/1982351‑1982645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |