| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,982,504 | G→A | 10.5% | intergenic (‑117/+50) | otsB ← / ← araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase, biosynthetic/L‑arabinose ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,982,504 | 0 | G | A | 10.5% | 268.2 / 15.2 | 95 | intergenic (‑117/+50) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase, biosynthetic/L‑arabinose ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/50); new base A (4/6); total (39/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
GTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAATATT > NC_000913/1982357‑1982652 | gTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGc < 2:382743/150‑1 (MQ=255)gTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGATTTACTGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGACCAGCCATCCGGTATGGc > 2:918530/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGGTTTCGGTTATCGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGGTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCg < 2:155062/150‑1 (MQ=255) tCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTGTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCgg < 2:322179/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAATAGCCAACCGCCATAACGGTTGGc < 1:1339936/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGc > 2:1668852/1‑150 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGc < 1:1714860/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGc < 2:437818/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGc < 1:29741/150‑1 (MQ=255) gtatCGGTTAACGGTGCTGTCACCCGGTTCTCCTCCATCTCTTTTCTTATTGTGATGCGCAGAACGCGCATTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCt < 2:751583/147‑1 (MQ=255) ttCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGCtgt < 2:482124/150‑3 (MQ=255) tCGGTTCACGGCTCTGTCACCCGGTGCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATTGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGCtgtt < 2:1556408/150‑4 (MQ=255) tCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTAtg < 1:588897/150‑1 (MQ=255) 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aaCGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACg < 2:1662604/150‑1 (MQ=255) aCGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCAACAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCTCGAACCACGTa > 1:1255806/1‑150 (MQ=255) gaagaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTGTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCCGGATGAAGCCGCGAACCACGTACt > 2:1535751/1‑150 (MQ=255) aaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTgcgc < 1:1497270/150‑1 (MQ=255) ataGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGAAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGcgcg > 1:899163/3‑150 (MQ=255) 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tATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAata < 1:1712815/150‑1 (MQ=255) tGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCAGCGAACAACGTACTGCGCGAAAGGAGAAATAtt > 1:1495983/1‑150 (MQ=255) | GTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAG‑AAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAATATT > NC_000913/1982357‑1982652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |