| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,211,188 | G→C | 6.7% | intergenic (+88/‑37) | yehQ → / → yehR | pseudogene/lipoprotein, DUF1307 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,211,188 | 0 | G | C | 6.7% | 337.3 / 12.3 | 105 | intergenic (+88/‑37) | yehQ/yehR | pseudogene/lipoprotein, DUF1307 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/42); new base C (2/5); total (58/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CAATGAATAACGGTGTTTTGCTTTGCGAACAATTATTCCCCATGCTTCAGCAACAAGGATGAAATAGTGCTTTTTACTAAGAGTTCTACTCCAGTTCCGGACTGCTCACGCCACGGTATTAGGCATATCCTATATAGCCCCTGGTGAGAGTCACCAGTTCCTTGATTAAATAAAATGGAGTTTTACATGAAGGCTTTCAATAAGCTGTTTTCCCTCGTTGTTGCATCTGTTCTGGTTTTCTCTCTTGCTGGCTGCGGTGACAAAGAAGAATCGAAGAAATTCAGCGCCAATCTGAACGG > NC_000913/2211039‑2211337 | cAATGAATAACGGTGTTTTGCTTTGCGAACAATTATTCCCCATGCTTCAGCAACAAGGATGAAATAGTGCTTTTTACTAAGAGTTCTACTCCAGTTCCGTACTGCTCACGCCACGGTATTAGGCATATCCTATATAGCCCCTGGTGagag > 2:1263051/1‑150 (MQ=255) tGAATAACGGTGTTTTGCTTTGCGAACAATTATTCCCCATGCTTCAGCAACAAGGATGAAATAGTGCTTTTTACTAAGAGTTCTACTCCAGTTCCGGACTGCTCACGCCACGGTATTAGGCATATCCTATATAGCCCCTGGTGAGAGTCa > 2:927414/1‑150 (MQ=255) gAATAACGGTGTTTTGCTTTGCGAACAATTATTCCCCATGCTTCAGCAACAAGGATGAAATAGTGCTTTTTACTAAGAGTTCTACTCCAGTTCCGGACTGCTCCCGCCACGGTATTAGGCATATCCTATATAGCCCCTGGTGAGAGTccc > 2:534283/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |