| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 248,775 | C→T | 6.7% | pseudogene (1296/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 248,775 | 0 | C | T | 6.7% | 326.8 / 7.3 | 104 | pseudogene (1296/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/41); new base T (3/4); total (59/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGTCAGCAGATTTTCCAGCTCATTATTCAGCGTATACACCGTCAGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACT > NC_000913/248628‑248923 | gTCAGCAGATTTTCCAGCTCATTTTTCAGCGTATACACCGTCAGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGc > 1:1488689/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGATTTTCCAGCTCATTATTCAGCGTATACACCGTCAGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCa > 2:737743/1‑150 (MQ=255) cagcagATTTTCCAGCTCATTATTCAGCGTATACACCGTCAGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCAc > 2:200050/1‑150 (MQ=255) 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ttCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTc < 1:325712/150‑1 (MQ=255) atCGCCACCGTGCTGGTCGCCAGTAGCACGGTGACGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGCGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTc > 1:938139/2‑150 (MQ=38) tCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcg < 2:616337/150‑1 (MQ=255) cgccACCGTGCTGGTCGCCAGTAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcga > 2:74654/4‑150 (MQ=255) cgccACCGTGCTGGTCGCCAGTAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTACGCCAGACGCGGTGCCGTcga > 2:1266098/4‑150 (MQ=255) cGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTcgc > 2:1268916/1‑149 (MQ=255) aCCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGAt > 1:1184014/1‑150 (MQ=255) cGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATaa < 2:1434178/150‑1 (MQ=255) gCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCCGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACg > 1:20440/1‑150 (MQ=255) gCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACg < 1:690697/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCCGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGtt > 1:1135754/1‑150 (MQ=255) ggCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATg > 1:1425335/1‑150 (MQ=255) gCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGc < 2:1221097/150‑1 (MQ=255) cGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCa > 1:936781/1‑150 (MQ=255) gACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCaa > 1:518620/1‑150 (MQ=255) ccAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACt > 2:537045/1‑150 (MQ=255) ccAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTCGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGCCGCGGTGCCGTCGACGCTAAACGGTTATGCCACt > 2:724158/1‑150 (MQ=255) | GGTCAGCAGATTTTCCAGCTCATTATTCAGCGTATACACCGTCAGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACT > NC_000913/248628‑248923 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |