| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 4332957 | 660 (1.110) | 3 (0.010) | 3/266 | NT | 0.46% | coding (316/1092 nt) | basS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BasR |
| ? | NC_000913 | = 4333009 | 672 (1.190) | coding (264/1092 nt) | basS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BasR | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 788 total aligned reads displayed.
TCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCATGATGTGGC > NC_000913/4332808‑4333106 | tCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGT < 2:913346‑M1/150‑1 (MQ=255) gCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTgc > 2:6472915/1‑150 (MQ=255) gCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAAGGGGCGGTAAGTTGTCGGCGGTgc > 1:244548/1‑150 (MQ=255) aGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTACACAACCGTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGGCGGCGGTgcgc < 2:8980885/150‑1 (MQ=255) aGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTgcgc < 1:1980981/150‑1 (MQ=255) ttCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTgcgcgc < 1:7071336/150‑1 (MQ=255) cGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCtt < 2:5743631/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTc < 2:5183577/150‑1 (MQ=255) tGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTcc < 1:344414/150‑1 (MQ=255) gcgcGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCa < 2:824097/150‑1 (MQ=255) gcgcGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCa < 2:1990970/150‑1 (MQ=255) cgcgACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAg > 1:5820448/1‑150 (MQ=255) cgACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGct > 2:1535700/1‑150 (MQ=255) gACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGctc > 1:2170351/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCttt < 1:4305798/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCtttt > 1:6321180/1‑150 (MQ=255) ggTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAg < 1:5458447/150‑1 (MQ=255) aacaacCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTcc < 1:7471278/150‑1 (MQ=255) 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cGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGa > 1:1228751/1‑149 (MQ=255) cGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGAt > 2:93764/1‑150 (MQ=255) gTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGAtc < 1:1008471/150‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGAtc > 2:1107224/1‑150 (MQ=255) tAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGAtctc > 2:9224073/1‑150 (MQ=255) aaGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCa > 1:4065220/1‑150 (MQ=255) aGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCAc > 2:877538/1‑150 (MQ=255) gTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACg < 1:5628434/150‑1 (MQ=255) gTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACg < 1:7606953/150‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCatg < 1:1351538/150‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCAAAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCatg > 1:5064814/1‑150 (MQ=255) gcggTacgccgcatcacccgcccgctggcggagctgcaaaaagagctggaagcgcgcaccgccgacaacttaacgcccattgccattcacagcgccaccctcgaaatcgaagcggtggtttcggcgttaaacgatctggtcagtcgcctg < 1:188267‑M1/150‑146 (MQ=255) gcggTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCatgatg > 1:6949400/1‑150 (MQ=255) gcggTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCatgatg < 2:8123483/150‑1 (MQ=255) ggTacgccgcatcacccgcccgctggcggagctgcaaaaagagctggaagcgcgcaccgccgacaacttaacgcccattgccattcacagcgccaccctcgaaatcgaagcggtggtttcggcgttaaacgatctggtcagtcgcctgac < 1:2879386‑M1/150‑148 (MQ=255) gTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCATGATGTgg < 2:2766342/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCATGATGTgg < 1:2735023/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCATGATGTgg < 1:3922487/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCATGATGTgg < 1:8364649/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCATGATGTgg < 1:8503241/150‑1 (MQ=255) tacgccgcatcacccgcccgctggcggagctgcaaaaagagctggaagcgcgcaccgccgacaacttaacgcccattgccattcacagcgccaccctcgaaatcgaagcggtggtttcggcgttaaacgatctggtcagtcgcctgacca < 1:8120792‑M1/150‑150 (MQ=255) tacgccgcatcacccgcccgctggcggagctgcaaaaagagctggaagcgcgcaccgccgacaacttaacgcccattgccattcacagcgccaccctcgaaatcgaagcggtggtttcggcgttaaacgatctggtcagtcgcctgacca < 1:1063867‑M1/150‑150 (MQ=255) | TCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGATAGCAGATAAATAGCGTCAGGCTGACCATAAAGACGCCGGGGACAATCAGGCTGGCGACCGCCTCGCGGATCTCACGCATGATGTGGC > NC_000913/4332808‑4333106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |