| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,004,963 | T→A | 6.9% | E275V (GAG→GTG) | ygeV ← | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,004,963 | 0 | T | A | 6.9% | 1672.8 / 6.9 | 562 | E275V (GAG→GTG) | ygeV | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (187/303); new base A (59/2); total (257/305) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.99e-20 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 571 total aligned reads displayed.
TAAAGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAA > NC_000913/3004814‑3005112 | aaGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCg > 1:9905554/1‑150 (MQ=255) aaGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCg < 2:8317464/150‑1 (MQ=255) aaGGGTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCg > 1:5656861/1‑150 (MQ=255) 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ttATTCCTTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCATTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACCCTGGATGGCCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTCCCGCATAACACGCCACTCGccaacc < 2:7315368/150‑1 (MQ=255) aTTCCGTCCTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCATTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACACGccaaccaa < 2:637083/150‑1 (MQ=255) tCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGAGGGCACGGGCGACGACTTCTTGACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAAtt < 2:2263024/150‑1 (MQ=255) ccGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCCCATAACACCGCCCTCGCCAACCAAATg > 1:8688121/1‑150 (MQ=255) gTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGtt < 2:6508851/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |