| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,552,941 | G→T | 8.2% | intergenic (‑468/‑144) | malP ← / → malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,552,941 | 0 | G | T | 8.2% | 1554.9 / 13.3 | 491 | intergenic (‑468/‑144) | malP/malT | maltodextrin phosphorylase/mal regulon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (180/251); new base T (58/2); total (238/253) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 498 total aligned reads displayed.
TTAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTG > NC_000913/3552792‑3553090 | ttAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTg > 2:4606098/1‑150 (MQ=255)ttAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTg < 2:5878803/150‑1 (MQ=255)ttAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTg < 2:6615515/150‑1 (MQ=255) 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1:8591817/1‑150 (MQ=255) aaGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAAc > 1:8171578/1‑150 (MQ=255) | TTAATAGATTTATTAAGATCATCTTTTTAGATGGCACTTTCATCAGGAATGAAGAAGAAACCCTTGCTTAAATGAATCTGATGAACATAAGGGAAACCAGTATTCACGCTGGATCAGCGTCGTTTTAGGTGAGTTGTTAATAAAGATTTGGAATTGTGACACAGTGCAAATTCAGACACATAAAAAAACGTCATCGCTTGCATTAGAAAGGTTTCTGGCCGACCTTATAACCATTAATTACGAAGCGCAAAAAAAATAATATTTCCTCATTTTCCACAGTGAAGTGATTAACTATGCTG > NC_000913/3552792‑3553090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |