| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3943845 = | 2 (0.010) | 11 (0.050) | 7/264 | NT | 85.3% | noncoding (142/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| ? | NC_000913 | 4037656 = | NA (NA) | noncoding (138/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA of rrnA operon | |||||
GGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAATCAGTATGTGTG > NC_000913/3943696‑3943994 | ccactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 1:2271493‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcgtttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgttagtgtgtcgaaa > 1:2433685‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 2:2631512‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 1:2214309‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 1:2271491‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 2:3221053‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 1:2546126‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 2:3024096‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 2:3024035‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 2:2798911‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 2:904690‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 1:3308301‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 2:2525219‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 2:2414696‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 1:3913752‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 2:2413373‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 1:662769‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 2:1882915‑M1/150‑150 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(MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa < 1:118795‑M1/1‑1 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 2:3488053‑M1/150‑150 (MQ=255)acactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgacttcttttcctcggggtacttagatgtttccgttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaa > 2:702868‑M1/150‑150 (MQ=255) cactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaac > 2:2056903‑M1/149‑150 (MQ=255) cactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaac > 2:1463279‑M1/149‑150 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgtaaca < 2:2576834‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 1:2085721‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 1:1211811‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 2:2285172‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 2:1107081‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 1:42497‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 1:1554442‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 1:2659904‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 2:3241905‑M1/3‑1 (MQ=255) actgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaaca < 1:1877939‑M1/3‑1 (MQ=255) 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tgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacaca < 1:685251‑M1/5‑1 (MQ=255) tgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacaca < 2:369071‑M1/5‑1 (MQ=255) tgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacaca < 2:373034‑M1/5‑1 (MQ=255) tgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacaca > 1:1710002‑M1/146‑150 (MQ=255) tgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacaca < 1:440956‑M1/5‑1 (MQ=255) tgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacaca < 2:3082827‑M1/5‑1 (MQ=255) tgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacaca < 1:2282423‑M1/5‑1 (MQ=255) gattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacacac > 2:365666‑M1/145‑150 (MQ=255) gattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacacac > 1:2288900‑M1/145‑150 (MQ=255) attcaggctctgggctgcttcccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaACACACt < 2:2953179‑M1/7‑1 (MQ=255) attcaggctctgggctgcttcccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaACACACt < 2:2953162‑M1/7‑1 (MQ=255) attcaggctctgggctgcttcccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaACACACt < 2:2953001‑M1/7‑1 (MQ=255) attcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggactctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaACACACt < 1:1654801‑M1/7‑1 (MQ=255) attcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaACACACt < 2:307663‑M1/7‑1 (MQ=255) attcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaACACACt > 2:2965671‑M1/144‑150 (MQ=255) 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1:2933761/150‑1 (MQ=32) gACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAATCAGTAtgtgt > 1:2093602/1‑150 (MQ=32) gACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAATCAGTAtgtgt < 1:2613434/150‑1 (MQ=32) gACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAATCAGTAtgtgt > 1:2917986/1‑150 (MQ=32) ACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAATCAGTAtgtgtg < 2:1612150‑M1/150‑1 (MQ=255) | GGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAATCAGTATGTGTG > NC_000913/3943696‑3943994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |