| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 218 (0.950) | 104/262 | NT | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGCTATAAATAAT > NC_000913/1979134‑1979428 | aatgggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcattaatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATaa < 2:3238676‑M2/5‑1 (MQ=255) tgggtctttacaattatcttagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGt < 2:497522‑M2/7‑1 (MQ=255) ggtctttacacttatctaagatttttcctaaatcgacgcaactgtactcgtcactacacgcacatacaacggaggggggctgcgattttcaataatgcgtgatgcagatcacacaaaacactcaattacttaacataaatgTATAAGTCa > 1:1168851‑M2/142‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |