| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 850,998 | G→A | 5.5% | intergenic (+33/+16) | ompX → / ← opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 850,998 | 0 | G | A | 5.5% | 932.1 / 28.3 | 270 | intergenic (+33/+16) | ompX/opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/143); new base A (6/9); total (118/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTT > NC_000913/850849‑851147 | gCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCgg < 2:18429/150‑1 (MQ=255) cGGGGCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAAAGATGCTCTGCACTACTCTTACGAGCAGAGACGTATTCGTAGCGTAGACTTATTCAACAGGCTTGCCGGTGTTGGTAACCTCTTATAATCAAATTGGTGATATAAAAAATACGCCTCTCggg > 2:3878678/1‑150 (MQ=255) gggTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCgggg > 2:2128904/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |