| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,004,963 | T→A | 10.3% | E275V (GAG→GTG) | ygeV ← | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,004,963 | 0 | T | A | 10.3% | 543.8 / 7.3 | 200 | E275V (GAG→GTG) | ygeV | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/106); new base A (25/2); total (92/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAA > NC_000913/3004820‑3005112 | gTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGccaa < 1:2563230/150‑1 (MQ=255) ttCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTTATTGGAGCATAACACGGCACTCGCCAACCAAt > 1:1941853/1‑150 (MQ=255) tCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGccaaccaaat > 2:2597612/1‑148 (MQ=255) 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aaCTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAAAACGGCACTCGCCAACCAAATGTTCAAAATGCGGt > 2:2190508/1‑150 (MQ=255) aCTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGtt < 2:108816/150‑1 (MQ=255) ttATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTTCCGCATAACACGGCACACGCCAACCAAATGTTCAATATGCGGTtca > 1:3287486/1‑150 (MQ=255) ttATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTTCCGCAAAACACGGCACACGCCCACCAAATGTTCAAAATTCGGTtca > 1:3287510/1‑150 (MQ=255) ttATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTtca < 1:1061532/150‑1 (MQ=255) 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cTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGa < 1:2956842/150‑1 (MQ=255) tCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGTCCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCGCATgta > 2:66682/1‑148 (MQ=255) | GTTTATTCCGTCTTCCGCTCAACTTATGGATTGCACGGGCGACGACTTCTTTACCCGTGCCGCTTTCACCAACCACCATAACGCTGGATGGGCTGGGTGCAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAA > NC_000913/3004820‑3005112 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |