| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,239,678 | T→A | 7.3% | intergenic (+133/‑266) | alx → / → sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,239,678 | 0 | T | A | 7.3% | 575.4 / 2.2 | 193 | intergenic (+133/‑266) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (93/76); new base A (20/2); total (115/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.61e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGC > NC_000913/3239532‑3239827 | gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGAGTACCCTGTCAATAACATTAGCACAGTTTTCTACCACTACCATCCAGGGAGATGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTTGCCTGTTCCCCACAACCAAACCCACACCCCa > 1:702396/1‑150 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCaaa > 1:3358766/1‑150 (MQ=255) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACgg > 1:1550124/1‑150 (MQ=255) 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ccTACGCGGTGTACCGTGTCATTAACTTGCCCCCGGTTTGCCCCCCCCCCCTCCCGGGGCGGGGGTGGGGGTGGGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAcc < 2:1918048/150‑1 (MQ=18) tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGa > 2:2732163/1‑150 (MQ=255) tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGa < 2:2709418/150‑1 (MQ=255) aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGTGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGTTGCTGGCCTGTTCCCCTCAGCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGAGTGTCCGAg > 2:1851176/1‑150 (MQ=255) aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAg > 2:3896464/1‑150 (MQ=255) 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aGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTACCCTCACCCAAACCCACACCCCAAACCGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCt > 1:3462851/1‑150 (MQ=255) aGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTACCCACACCCGAACCCACTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCCAGTCCTTTTTTGATGGTGTCATCAGTCt > 1:6323/1‑150 (MQ=255) gccgcGTTTTCTCCCTCGCCCTGCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTg < 2:3740183/146‑1 (MQ=255) ccGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGaa > 1:1029439/1‑150 (MQ=255) ccgaccctctccctGGAAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGc > 2:2430769/5‑150 (MQ=255) 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tCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATcc < 2:2696954/150‑1 (MQ=255) cACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTGTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCa > 2:2554360/1‑150 (MQ=255) cACCCTAACCCACTCCCCAAACGCCGCGAGGGGACTGACCGAGTCCAATATTGATCTTGACAACAGTCTGGAAGCCGAACGTTGGCATTATATATATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCa < 2:1756848/150‑1 (MQ=255) aCCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAg > 1:3550527/1‑150 (MQ=255) ccTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCa < 1:478982/150‑1 (MQ=255) ccTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTATGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAAACATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATACAGCa > 1:1301087/1‑150 (MQ=255) cTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCAt > 2:4100806/1‑150 (MQ=255) tAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGAAATATCTTTAAAATCCATCAtt > 2:2120363/1‑150 (MQ=255) tAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGGTGGCTTTATTTTTATGTCAAATAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATTAACTCTCTTTAAAATACCGCAtt > 1:742258/1‑150 (MQ=255) ccTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTc > 2:1424107/1‑150 (MQ=255) ctctCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCg < 2:2573213/150‑1 (MQ=255) tctcCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCAATAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCAATTTTCGc > 1:2427669/1‑150 (MQ=255) | AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGC > NC_000913/3239532‑3239827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |