| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 756,643 | T→A | 5.6% | I246N (ATT→AAT) | sdhA → | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 756,643 | 0 | T | A | 5.6% | 292.1 / 5.7 | 105 | I246N (ATT→AAT) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/55); new base A (4/2); total (48/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATCG > NC_000913/756496‑756792 | cTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTg < 2:1621961/150‑1 (MQ=255) cttGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACAGCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCgg < 2:262404/148‑1 (MQ=255) ggCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTg < 2:1236338/149‑1 (MQ=255) 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caccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAgg < 2:791533/150‑1 (MQ=255) caccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAgg > 1:1797250/1‑150 (MQ=255) accaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGGGGTGAAGGc > 1:1716189/1‑150 (MQ=255) ccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCg > 2:524554/1‑150 (MQ=255) ccaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCg > 1:1186297/1‑150 (MQ=255) 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aaTGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGa < 1:995971/150‑1 (MQ=255) tgtgGCAGTTCCCCCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACg < 2:350349/150‑1 (MQ=255) tggggCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGACGGTTGCCGTGGGGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACg < 2:79841/147‑1 (MQ=255) ggCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGCAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGAGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTgg > 1:80493/1‑150 (MQ=255) ggCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGCACGCCAACGACCTGGCGGGCCGTGACGTgg > 1:1148624/1‑150 (MQ=255) 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ttGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATCg < 1:680226/150‑1 (MQ=255) | CTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCC‑G‑ACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATCG > NC_000913/756496‑756792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |