| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,086,024 | C→A | 5.2% | L345I (CTT→ATT) | phoH → | ATP‑binding protein; putative PhoH family P‑loop ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,086,024 | 0 | C | A | 5.2% | 375.1 / 3.7 | 122 | L345I (CTT→ATT) | phoH | ATP‑binding protein; putative PhoH family P‑loop ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/58); new base A (6/2); total (61/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTGCC‑AACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTTATGCCCGGACTAGCGCTTTTTCTGAAACAACCATTTTTATTTGCCCCTGGCTGGTGAAGTGTAC > NC_000913/1085875‑1086171 | cgttGACGATAACCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCAc > 1:1569657/4‑150 (MQ=255) tGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACttt > 2:685650/1‑150 (MQ=255) tGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGGGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACttt < 2:651681/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |