| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,141,153 | A→G | 5.8% | intergenic (+167/+29) | flgL → / ← rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,141,153 | 0 | A | G | 5.8% | 417.9 / 11.3 | 138 | intergenic (+167/+29) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein/endoribonuclease; RNA‑binding protein;RNA degradosome binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/69); new base G (5/3); total (66/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGG > NC_000913/1141004‑1141301 | cATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTAc > 2:371693/1‑150 (MQ=255) aTGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTAcc > 2:1144708/1‑150 (MQ=255) gAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATTTGTTGATTCAATGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAg > 2:961725/1‑150 (MQ=255) 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aaaTAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACACGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGgcg > 2:924033/1‑150 (MQ=255) tAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTg < 1:611179/150‑1 (MQ=255) aaaaaGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCCGGCGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGcc > 1:525675/1‑150 (MQ=255) tcaaGCCCTGGTAACTGCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCa > 1:1026781/3‑150 (MQ=255) aGCCCTGGTAACTGCCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTc > 2:1052599/1‑150 (MQ=255) 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gCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGa > 2:1230512/1‑150 (MQ=255) tACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCACCAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCgg < 1:133624/150‑1 (MQ=255) | TCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCTGGGATCGCTGGGGCGGGCATTTTTTTGCCTATTTTGCATTGTTGGTTAGCAAGGATGCCATTCGATGAATTTTAATATGTTGATTCAAAGATGAAATAAAAAAGCCCTGGCAGTTACCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGG > NC_000913/1141004‑1141301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |