| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,181,765 | 0 | C | T | 5.9% | 329.2 / 7.7 | 120 | intergenic (‑40/+18) | ymfA/potD | DUF3592 family inner membrane protein/spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/44); new base T (2/5); total (71/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GCGTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCATAAATGCTGCTGGCTGCGCCAACGTCATTCTGCCATTCGCCATTTTTAATGGTTTCAGCATCCGGGTAGAGTGTTTTATCGTTCGCCACTTCTGG > NC_000913/1181616‑1181914 | gcgTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATACTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATacc > 1:1610099/1‑150 (MQ=255) gTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATaccac < 1:1513133/150‑1 (MQ=255) tttGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCAccgc > 1:40623/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |