| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,674,177 | G→T | 6.2% | E89* (GAG→TAG) ‡ | tqsA → | pheromone AI‑2 transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,674,177 | 0 | G | T | 6.2% | 288.2 / 6.7 | 97 | E89* (GAG→TAG) ‡ | tqsA | pheromone AI‑2 transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/46); new base T (3/3); total (48/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
CGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACC > NC_000913/1674029‑1674326 | cGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGa < 2:305111/150‑1 (MQ=255) gCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAg > 1:591073/1‑150 (MQ=255) gCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTAGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCTCGCTCATCGat > 1:1700388/1‑149 (MQ=255) 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ttATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGCCGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGaa > 1:935656/1‑150 (MQ=255) tCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGTAcgc > 1:1648971/1‑150 (MQ=255) acgtCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGACCgcggcg > 1:730310/4‑150 (MQ=255) gTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGa < 1:257811/150‑1 (MQ=255) gtCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGAt > 2:1042095/2‑150 (MQ=255) gtCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGAt > 2:549137/2‑150 (MQ=255) tCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTCTTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGGCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATg < 1:104878/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATg > 2:320884/1‑150 (MQ=255) ccGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGATCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGa > 1:1688578/1‑150 (MQ=255) cgagcTCAACGAGATGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCCTTGTTCCAACGCGTATGGATTGACGACTCAGATGACCAGCTGGCGCATTATATTGAACAGAACGCGGCGATGAc > 2:872088/4‑150 (MQ=255) tgtaCGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCTCAATATCGCAACTCAATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGAAAAGCTTAGTGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGc < 2:327976/147‑1 (MQ=255) cAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCt > 2:955609/1‑150 (MQ=255) aCGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCa < 1:700961/150‑1 (MQ=255) aCGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCa < 1:1575930/150‑1 (MQ=255) gAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCACCGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGGGGCGATGACGTTGCTcccc > 1:944096/1‑150 (MQ=255) | CGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACC > NC_000913/1674029‑1674326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |