| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,944,240 | T→G | 7.1% | intergenic (+41/+106) | znuB → / ← ruvB | zinc ABC transporter permease/ATP‑dependent DNA helicase, component of RuvABC resolvasome |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,944,240 | 0 | T | G | 7.1% | 377.5 / 14.6 | 141 | intergenic (+41/+106) | znuB/ruvB | zinc ABC transporter permease/ATP‑dependent DNA helicase, component of RuvABC resolvasome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/62); new base G (6/5); total (74/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCC > NC_000913/1944091‑1944388 | tGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGGTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCt < 2:229218/150‑1 (MQ=255) gCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTa > 2:1405954/1‑150 (MQ=255) cGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTAt < 1:185553/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |