| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 304,790 | T→G | 6.2% | E139A (GAG→GCG) | ecpE ← | ECP production pilus chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 304,790 | 0 | T | G | 6.2% | 435.4 / 12.7 | 151 | E139A (GAG→GCG) | ecpE | ECP production pilus chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/62); new base G (3/7); total (82/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCC > NC_000913/304641‑304939 | ctTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTGACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCt > 2:1080803/1‑150 (MQ=255) ggTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGt > 1:863994/1‑150 (MQ=255) gTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTg > 1:1466728/1‑150 (MQ=255) aaTCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGa < 1:1768089/150‑1 (MQ=255) aTCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGAc < 2:829656/150‑1 (MQ=255) cacaTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCa > 1:1004991/1‑150 (MQ=255) acaTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACTTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCAc > 1:1160169/1‑150 (MQ=255) aTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCAcgc > 1:418983/1‑150 (MQ=255) tCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCAcgcc < 2:489192/150‑1 (MQ=255) ccTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGACCCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGCCGTGCTGACCccgccg > 2:131110/1‑150 (MQ=255) cTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACAAGTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACAACCGGCTCCGTGCTGACCAcgccgc > 1:49811/1‑150 (MQ=255) tGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCCCCACCGGCTCCGTGCTGACCACgccgcc > 2:929249/1‑150 (MQ=255) tcaTCAGTAGCTTAAACCATGTGCTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACTTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtgg < 2:1090801/148‑3 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCCCCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGGGGTCGTACTACCAGATTGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGGTggg > 1:1617913/1‑150 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGCTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTACACTGAACCTGACGTGGGCGTACTACCAGAATGGTATCCAGCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtggtg < 1:398609/150‑5 (MQ=255) gTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGc > 2:213093/1‑150 (MQ=255) aGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGt > 1:467815/1‑150 (MQ=255) aGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGt > 1:245982/1‑150 (MQ=255) 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gtTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTACGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACg > 2:403062/1‑150 (MQ=255) cAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTgg < 1:1074519/150‑1 (MQ=255) cAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCAGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTgg > 2:1531189/1‑150 (MQ=255) cAGTCTTAGTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCTTCTTGTATTGTTACGAGTgg < 1:1089963/150‑1 (MQ=255) gtgtTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTgggg < 2:30329/150‑1 (MQ=255) 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accaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGcc < 1:658667/150‑1 (MQ=255) accaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATAATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGcc > 2:710220/1‑150 (MQ=255) ccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCt < 1:929249/150‑1 (MQ=255) ccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCt > 2:1009381/1‑150 (MQ=255) caaccGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGCGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGAAAAATTTAAAATACTCCCTCTCCCCTGCCt > 1:1138819/3‑150 (MQ=255) caccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCAGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTATCACCAGCATg > 2:644118/1‑150 (MQ=255) aacgtcTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTTTGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGCAATGAGTCCCGGTAGTAGGGCGCGCGGTTCTCCCGTGGACCAAGATAGTAAAATTTAAAATACACGCTCTCCCCAGCCTGc > 2:75017/6‑150 (MQ=255) ccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCa < 2:1225339/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCa < 2:243785/150‑1 (MQ=255) cTCCGTGCTGAGCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGCGCCCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGGGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGc > 2:1647655/1‑150 (MQ=255) cTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGc < 2:498260/150‑1 (MQ=255) tCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGcc > 1:365265/1‑150 (MQ=255) | CTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCC > NC_000913/304641‑304939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |