| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 304,806 | C→A | 6.1% | G134C (GGC→TGC) | ecpE ← | ECP production pilus chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 304,806 | 0 | C | A | 6.1% | 410.2 / 12.1 | 141 | G134C (GGC→TGC) | ecpE | ECP production pilus chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/60); new base A (4/5); total (75/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTGGCGGGGGGCGA > NC_000913/304657‑304955 | tCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCAcgcc < 2:489192/150‑1 (MQ=255) ccTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGACCCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGCCGTGCTGACCccgccg > 2:131110/1‑150 (MQ=255) cTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACAAGTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACAACCGGCTCCGTGCTGACCAcgccgc > 1:49811/1‑150 (MQ=255) tGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCCCCACCGGCTCCGTGCTGACCACgccgcc > 2:929249/1‑150 (MQ=255) tGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACgccgcc < 2:382219/150‑1 (MQ=255) gCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCgg < 1:1093145/150‑1 (MQ=255) tcaTCAGTAGCTTAAACCATGTGCTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACTTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtgg < 2:1090801/148‑3 (MQ=255) taataaGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtgg < 2:442162/150‑3 (MQ=255) tAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtgg < 1:1265056/150‑3 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTggg > 1:1320427/1‑150 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGCTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTACACTGAACCTGACGTGGGCGTACTACCAGAATGGTATCCAGCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtggtg < 1:398609/150‑5 (MQ=255) aGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACAACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtggtggtg < 2:152867/150‑8 (MQ=38) gTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGc > 2:213093/1‑150 (MQ=255) 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ccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCa > 2:54940/1‑150 (MQ=255) ccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCa < 2:243785/150‑1 (MQ=255) ggCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAAc < 1:523364/150‑1 (MQ=255) tCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGcc > 1:365265/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGTGTCTTGTATGGATACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAg < 2:810493/149‑1 (MQ=255) 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ccgccgGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTGGCGGGGGGCg < 2:245982/150‑1 (MQ=255) cgccgGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTGGCGGGGGGCGa < 2:1466728/150‑1 (MQ=255) | TCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTGGCGGGGGGCGA > NC_000913/304657‑304955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |