| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,270,605 | G→A | 8.5% | intergenic (+60/‑121) | mepS → / → rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein, weak murein LD‑carboxypeptidase/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,270,605 | 0 | G | A | 8.5% | 354.3 / 14.4 | 117 | intergenic (+60/‑121) | mepS/rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein, weak murein LD‑carboxypeptidase/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/54); new base A (7/3); total (60/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ACCAGCAGTGGTGTTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACG > NC_000913/2270456‑2270754 | accaGCAGTGGTGTTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAg > 2:53456/1‑150 (MQ=255) cagcagTGGTGTTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGc < 2:1761821/150‑1 (MQ=255) cagcagTGGTGTTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGc < 2:590796/150‑1 (MQ=255) 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gtTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCttttt > 2:1749205/1‑150 (MQ=255) gtTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCttttt > 2:1573470/1‑150 (MQ=255) gtTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTAGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCttttt > 2:1202315/1‑150 (MQ=255) gtTATTATATACAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAAGGAAGCACGCCTGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAATCCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCATGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCttttt < 2:1703858/150‑1 (MQ=255) ttattaTTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCCTAAGCAGTGCtttcag < 1:1605602/150‑4 (MQ=255) 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tCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCACTTGGCTATCCTGACGAGTAAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTttcat > 1:514249/1‑150 (MQ=255) ccAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTttcatt < 2:67817/150‑1 (MQ=255) aGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTttcattca > 2:691100/1‑150 (MQ=255) aGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTttcattca < 1:1012274/150‑1 (MQ=255) aGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTttcattca < 1:58736/150‑1 (MQ=255) tgaatgaaCCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCag > 1:1510047/1‑150 (MQ=255) aCCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAat > 1:1250102/1‑150 (MQ=255) ccGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAatg > 2:1719112/1‑150 (MQ=255) ccGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAatg > 2:313161/1‑150 (MQ=255) gTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAatgat < 1:1609362/150‑1 (MQ=255) 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tAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAc > 1:508517/1‑150 (MQ=255) aacaaaaaaGCACTGCCTAAGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAc > 2:1198185/7‑150 (MQ=255) caaaaaaGCACTGCCTAAGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATActc > 2:1749327/5‑148 (MQ=255) caaaaaaGCACTGCCTAAGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAcgc > 1:168529/5‑150 (MQ=255) aCTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATAcgc < 1:841226/150‑1 (MQ=255) tGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATTGTCCGGTAATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATActctc > 2:730201/1‑146 (MQ=255) aaaaaGCACTGCCTAAGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACgcgc > 1:949832/3‑150 (MQ=255) gAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCt > 2:871400/1‑150 (MQ=255) aaaGCACTGCCTAAGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTc > 1:1622280/1‑150 (MQ=255) aaGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGATAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTAATACGCGCTcc > 1:919062/1‑150 (MQ=255) aaGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTcc > 1:1597831/1‑150 (MQ=255) gCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCa > 1:753914/1‑150 (MQ=255) gCACTGCCTAAGGAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCTTAAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTATTAAATGTTGTCGTAATATCAGGAAATTTAAGGAATCATGTTCATACGCTCTCCCa > 1:249488/1‑150 (MQ=255) cTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAACTGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtt < 2:959644/150‑1 (MQ=255) gCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAAtttt > 1:935970/1‑150 (MQ=255) cTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTg < 1:1775340/150‑1 (MQ=255) ttAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTgg < 1:845672/150‑1 (MQ=255) | ACCAGCAGTGGTGTTATTATTTCCAGCATGAATGAACCGTACTGGAAGAAGCGTTACAACGAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACG > NC_000913/2270456‑2270754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |