| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,620,216 | C→T | 7.5% | intergenic (‑56/+30) | uraA ← / ← upp | uracil permease/uracil phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,620,216 | 0 | C | T | 7.5% | 332.2 / 9.5 | 109 | intergenic (‑56/+30) | uraA/upp | uracil permease/uracil phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/44); new base T (3/5); total (60/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCACCAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTCGGCTTTAATTATTTTTATTCTTTATTTCGTACCAAAGATTTTGTCACCGGCATCGCCGAGGCCCGGAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTC > NC_000913/2620069‑2620365 | cACCAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCAGACTCTTa > 2:1478567/1‑150 (MQ=255) ccAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTTTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTaaa > 2:1180711/1‑150 (MQ=255) ccAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTCAAAAAAAAAGCCGACTCTTaa > 1:574246/1‑150 (MQ=255) 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ttGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTCGGCTTTAATTATTTTTa > 1:1530688/1‑150 (MQ=255) ttGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTAACTCTCGCAGATAGCTCGGAGCGTGATAGTATTTTCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTGTTAAAGTCGGGTTTAATTAtttttt > 1:104036/1‑149 (MQ=255) cTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTCGGCTTTAATTATTTTTATTCTTTa > 2:1450648/1‑150 (MQ=255) cTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTCGGCTTTAATTATTTTTATTCTTTa > 2:780150/1‑150 (MQ=255) aGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTCGGCTTTAATTATTTTTATTCTTTAttt > 1:1464899/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |