| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,620,220 | A→G | 7.1% | intergenic (‑60/+26) | uraA ← / ← upp | uracil permease/uracil phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,620,220 | 0 | A | G | 7.1% | 328.6 / 12.0 | 112 | intergenic (‑60/+26) | uraA/upp | uracil permease/uracil phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/46); new base G (3/5); total (61/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTCGGCTTTAATTATTTTTATTCTTTATTTCGTACCAAAGATTTTGTCACCGGCATCGCCGAGGCCCGGAATAATGTATCCGTGCTCGTTCAGTCCCTGATCAATCGATGCGGTATACAGTTCGACGTCCGGGTGCGCTTTTTCC > NC_000913/2620072‑2620366 | ccAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTCAAAAAAAAAGCCGACTCTTaa > 1:574246/1‑150 (MQ=255) cAAACATGGCGAACAAATGTTGCAAACTAAGCGGGATTGTCTGTAAAAGTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTATTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAg > 2:1640322/1‑150 (MQ=255) aaCATGGCGAACAAATGTTGCTAACTAAGCGTGATTGTCTGTAAAATTGGCGGTCTTTCACTCACCCCGATAGCACGGCGCGTCATAGTATTATCCTCTGTTTTATGTGTTATAGGCGCTTTACTC‑AAAAAAAAGCCGACTCTTAAAGTc < 2:1111272/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |