| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,725,837 | T→A | 5.1% | intergenic (‑91/+232) | kgtP ← / ← rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,725,837 | 0 | T | A | 5.1% | 374.4 / 4.0 | 120 | intergenic (‑91/+232) | kgtP/rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/53); new base A (2/5); total (62/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATA > NC_000913/2725688‑2725986 | cggcgACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTGATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCatat > 2:685443/1‑150 (MQ=255) acgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTa < 1:453681/150‑1 (MQ=255) cgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCTTAATCAGATGCTTTTGTCTGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTTAATATCATTaa > 2:631359/1‑149 (MQ=255) 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tCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGtata > 1:786826/1‑150 (MQ=255) tCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGtata > 2:986727/1‑150 (MQ=255) | CGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGAGTATA > NC_000913/2725688‑2725986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |