| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,744,282 | G→T | 5.2% | S83R (AGC→AGA) | rplS ← | 50S ribosomal subunit protein L19 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,744,282 | 0 | G | T | 5.2% | 420.2 / 7.8 | 133 | S83R (AGC→AGA) | rplS | 50S ribosomal subunit protein L19 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/60); new base T (5/3); total (70/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGTCAACTACCGGAGAGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTGGAACCTTC > NC_000913/2744133‑2744431 | ccagccaATTGGCCAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGc < 2:861510/150‑1 (MQ=255) ccagccaATTGGCCAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGc > 1:1318187/1‑150 (MQ=255) agccaATTGGCCAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTg < 2:723774/150‑1 (MQ=255) gccaATTGGCCAGCCCTTCTTTAC‑AGGTTGTGGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGt < 2:640426/150‑1 (MQ=255) ttGGCCAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCGTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGCATTTCTGTCaaac < 2:267617/150‑3 (MQ=255) gCCAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGCACAGCACCCCGACGTTTGACAGAAATGCTGTCAACTAcc > 1:1183161/1‑150 (MQ=255) ccAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGTCAACTACCg > 1:1244430/1‑150 (MQ=255) aagagcgtcttAACTAAGATTTCGCTTAAGCGACATCCT‑GTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGTCAACTACCgg > 1:194961/8‑150 (MQ=37) 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agttGACAGCATTTCTGTCAACTACCGGAGAGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGtt > 1:1330041/3‑150 (MQ=255) tttGACAGAAATGCTGTCAACTACCGGAGAGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGttt < 1:1793582/150‑1 (MQ=255) agaGAAATTCTGTCAACTTCCGGAGACTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTg < 1:940717/148‑1 (MQ=255) aCATAAATTCTGGCAACTCCCGGCGTGTGAGTCTGGACTCCACGCTCAACGCCTTCGAGGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGATTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCCCGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTg < 2:1730099/150‑1 (MQ=255) aCAGAAATGCTGTCAACTACCGGAGAGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTg < 1:1115293/150‑1 (MQ=255) 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aaTGCTGTCAACTACCGGAGAGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTGGAAcc > 1:1749515/1‑150 (MQ=255) tGCTGTCAACTACCGGAGAGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGAAGAGTGCAGCCCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTGGAACCtt > 1:883254/1‑150 (MQ=255) | GCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAAC‑AGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGTCAACTACCGGAGAGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTGGAACCTTC > NC_000913/2744133‑2744431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |